。成祖下旨迁都北京后，出于种种原因，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。

　　这是标准的脱了裤子放屁-----多此一举，你既然把大侄子都干翻了，还怕那群江南文人干嘛？你以为这样做人家就不会背后骂你？

　　南京和北京一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和北京相同。北京所在为顺天府，南京所在为应天府，合称二京府。

　　虽然南京六部的权力远不如北京六部，但是南京六部也有一定职权。主要是因为南京所在的南直隶地区辖十五个府又三个直隶州，相当于后世江苏、安徽两省及上海之地，却不设布政司、按察司、都指挥司三司，原来三司执行的职权便由南京六部负责，其中又以南京户部、南京兵部的权力最重。

　　在现今境内局势平稳安定时，南京的小朝廷已经没有存在的必要，必须将权利收上来，将南京管辖的区域统归朝廷，那样将来的改革才不会遇到更大的阻力。

　　南京几个部司权力太大，实际上已经脱离了皇帝和朝廷的掌控范围。

　　南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮，此四地所交税粮几乎占了大明的一半。

　　同时南京户部还负责漕运及全国黄册的收藏和管理，南京户部侍郎因此经常兼任总理粮储。

　　南京兵部负责南京地区的守备，南京地区的49个卫，都隶属南京兵部尚书指挥。南京兵部尚书一般挂“参赞机务”衔，会同镇守太监和南京守备勋臣共同管理南京的全部事务。

　　南京吏部负责南京地区官员六年一度的京察考功，京城吏部不得干涉。

　　这样一来，皇帝和朝廷在南直隶一带的存在感十分的微弱，朝廷的许多政令在南直隶很难得到贯彻和施行。

　　南京的这些利益集团才是东林党的根本所在，若想对付这些利益共同体，唯有釜底抽薪一策。

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